小刀's Informatics Grid Computing

最近上市了，不過我需要花點時間玩一下，過幾天再來分享一下軟體..

我相信第一次玩Linux系統的人，都會去使用VirturlBox去執行系統，因為這樣是可以已最簡單的方式去接觸這個對新手不熟的系統。 而Debian是Linux系統的分支，算是比較簡單一點的系統，目前釋出到5.0，不過使用Virturlbox去執行Debian 5.0系統的時候就會發現到螢幕會有過大的問題，我覺得可能是這一版的Bug吧..@@ 目前我知到的解決的辦法是安裝VirturlBox的套件，這樣就可以在Virturlbox中調整螢幕解析度了。 在安裝套件之前請先安裝(make,gcc,linux-headers)這3個套件，這3個好像是可以去編譯系統檔案的套件。可以在終端機的地方輸入： apt-get install make gcc linux-headers 這樣，之後再進去系統中，去安裝VirtualBox系統的套件，這樣就可以去調整系統的螢幕解析度。

Ubuntu 是屬於 Debian 體系，檔案壓縮的格式也是相同，連結套件庫的方法也是一樣，使用apt-get( Fedora 是屬於red-hat體系的，也是由紅帽公司所維護的，系統所使用的套件庫是採用yum取得)，由於是與debian是屬於相同的體系，所以有時候系統預設是沒有Gcc與Vim等等，一些編輯軟體（裡面是有但是是舊版的vi），當使用者更新vim之後就會替代掉vi編輯器

資料來源 :  東 京Windows 7發佈的瞬間                                 註.本照片純粹好玩!笑笑就好~! 不要太認真!(這個狀況是,純屬巧合～) 翻譯：       微軟嘗試用魚雷攻擊在日本舉辦的Linux研討會,以免它辦得很成功. 方法是藉由在同一天發表他們的Windows 7產品. 他們甚至建立了一個 很大的宣傳廣告,橫跨街道到會議中心(舉辦Linux研討會的地方).       中場休息時,我們決定拿微軟製造一些樂趣:拖著Linus到那裡去! 當我們抵達那裡,Linus表現得好像會立即購買產品的樣子(如圖),至少 銷售員是這麼想.顯然銷售員並不知道他所接待的人是誰.但最後呢, Linus出乎銷售員意外地,並沒有買一套Windows 7.        這是我在Ubuntu官方討論區看到的討論帖( 連結 )， 老實說我很喜歡這張照片，我覺得Linux主要不是要來取代Windows的，而是可以給世界上所有的人一個新的選擇，你可以選擇繼續使用Windows也可以轉跳Linux都沒有關系，也是可以告訴世人，這個世界上還有別的作業系統，不是只有Windows而已。     照片中雖然Linus沒有去買Win 7，但是並不會攻擊使用Win的人(你要批評，去批評Win的程式設計師就好了，為何要控制End User的使用想法)，在網路上的論壇，不管是mac還是Linux還是win常常都會發生有人會去攻擊對方使用的OS，導致聽得人不舒服，為何不如Linus一樣，可以笑笑的在Win攤位上搞笑。...

當WebServer端要啟動個人網頁，就需要在自己的資料夾中加入一個"www"（註:這是我在WebServer端設定好了，可以自動產生），檔案只要放入裡面就可以透過http分享出去。 但是實際上因為檔案權限的關係，就算建立好資料夾，還是不可以方便的傳出去，所以就需要針對個人自己去設定檔案權限 方法: 1. cd ~ 2. mkdir www(原本是"public_html"，不過只要新加入帳號就會有該資料夾了) 3. chmod 755 www 4. 自己在www資料夾中建立index.html試試看可不可以看 網址是http://www.bm.tcu.edu.tw/~XXX/  (其中XXX是帳號名稱)

這是從陽明大學轉過來的，網址 http://binfo.ym.edu.tw/post/ 在這裡我要轉貼記憶用的是關於資料庫搜尋的策略 搜尋資料庫有三種策略：String search,Pattern search與Similarity search String search :「字串」是由一連串明確的字元的序列片段，例如 * 核酸字串: "ATGC" * 蛋白質字串: "DEAD" 是螺旋酵素中的守舊序列 Pattern search :「模組樣式」是一個含有不明確字元的序列片段，例如 * Ava I 限制酵素切割位置: "C(T,C)CG(A,G)" * leucine zipper : "LX{6}LX{6}LX{6}L" Similarity search : 根據運算法(algorithms)，尋找相似的序列，也就是尋找符合下列條件的所有序列: * 利用 blosum 或 PAM 等評分矩陣(scoring matrix) 決定得分 * 由誤配(mismatch) 的數目，插入空隙(gap insertion) 的數目，與空隙長度(gap length) 決定扣分(penalty)

MPICH有Win版本，也有Linux版，在Win版中可以用Dev-C++編譯mpich的程式。 在linux中，因為我比較習慣使用Vim編輯器編譯，這就需要使用指令來編輯，這裡先紀錄一下常用的指令（個人還是認為在linux上編輯程式比較好，不管Win的VS 2005,2008我都不太會用..@@）

在linux底下，其實很少使用root權限，除了要系統管理，如果是個人使用的軟體都可以在自己的資料夾下使用，只要預設的資料夾設在個人的資料夾中， 在加入環境變數，就可以在自己的系統上使用軟體，但是如果需要動到系統管理的話，能不用到root就儘量不用，有可以很方便的使用方法就是:sudo 使 用sudo就可以暫時取得root的權限，而在使用權限的時候，電腦會紀錄你使用的指令與你所做的行為等等，可以知道是否有其他人使用，舉個例子：如果我需要安裝很簡單的軟體，例如:perl...等等，這軟體可以去網路上下載source code編譯，也可以動用yum或是apt-get 去取得軟體，但是yum或是apt-get 需要用root權限才可以使用的指令，所已就可以輸入: sudo yum(apt-get) install perl 這是sudo的用處，sudo可以用套件庫來取得，所以當系統剛安裝好之後，先登入root權限，使用yum(apt-get) install sudo 來取得軟體，在使用 root 需要先使用 visudo 去修改 /etc/sudoers ，讓該帳號能夠使用全部或部分的 root 指令功能。

RLE是"Run-length Encoding"的簡寫，中文名稱是"變動長度編碼法"，壓縮的方法是將重複的字元壓縮起來，用一個數字代替。例如:Apple，經過壓縮之後，就會輸出A1p2l1e1這樣的字串出來。 不過這種壓縮法最大的缺點就是萬一字元都是獨立的話，這種方法的壓縮率就不好了，我以Encoding的這個Word舉例，當這個字經過壓縮之後，就會輸出E1n1c1o1d1i1n1g1這樣的結果，如果1不輸出的話就更不壓縮是相同的結果。 目前我主要研究的是RLE去壓縮DNA序列，因為DNA序列主要只有ATCG四種結果而已，所以希望透過這種壓縮方法，可以取得比較好的結果。 參考:Wiki and 自己

最近在幫我實驗室自己的桌電安裝Win 7，結果自己蠢，原本就已經裝好的Win 7，後來不小心多安裝了語言檔案，結果一移除就哭哭了..><，Win7系統掛了...所以就又乖乖重灌了。 不過我覺得這次的系統做的不錯，介面很容易習慣，不過如果你自己有用Vista又覺得Vista比Win7好用，那就剛好不用換了，因為介面其實差不多，我個人是因為有在筆電上使用過Vista，所以在桌電上無痛使用..XD 現在用Win7使用我常用的軟體都還可以正常使用，除非要還實驗室電腦給學校，要不然我會繼續使用Win7..XD

想不到已經一年沒有在更新blog了，這一年的變化很大，像是去陽明上平行運算課程，建立無碟環境，計劃書口試沒有過關(後來還是過了...)，打混摸魚...等等 後來我的計畫就沒有要用到平行運算了...@@ 我原本都是在實驗室網站上面紀錄的，但是現在要考慮一下，因為實驗室網站的很少人會去，都是一些bot在上面逛街，晚點將一些在實驗室網站寫的資料轉移到這裡還好了..@@